यद्यपि ग्रेफाइट क्रूसिबल में उच्च थोक घनत्व, उच्च तापमान प्रतिरोध, तेजी से गर्मी हस्तांतरण, एसिड और क्षार संक्षारण प्रतिरोध, उच्च तापमान पर उच्च शक्ति और उत्कृष्ट ऑक्सीकरण प्रतिरोध जैसी विशेषताएं होती हैं, लेकिन उपयोग के बाद उन्हें साफ करना परेशानी भरा हो सकता है, खासकर कुछ कच्चे माल को संसाधित करते समय।
ग्रेफाइट क्रूसिबल को साफ करने में पहला कदम अंदर के रासायनिक पदार्थों को निकालना है, उसके बाद सफाई करना है। सफाई की विधि क्रूसिबल में बचे अवशेषों के प्रकार पर निर्भर करती है। आम तौर पर, ग्रेफाइट क्रूसिबल पर जमा अकार्बनिक दहन अवशेष होते हैं, जिन्हें हाइड्रोक्लोरिक एसिड से साफ किया जा सकता है, क्योंकि उनमें से अधिकतर घुलनशील होते हैं। हालाँकि, कार्बन घटकों वाले कुछ अवशेष हाइड्रोक्लोरिक एसिड में घुलनशील नहीं हैं। ऐसे मामलों में, नाइट्रिक एसिड का उपयोग सफाई के लिए किया जा सकता है, क्योंकि इसमें मजबूत ऑक्सीकरण गुण होते हैं। सफाई प्रक्रिया के दौरान हीटिंग भी लागू किया जा सकता है।
जिन पदार्थों को साफ करना अभी भी मुश्किल है, उन्हें तनु हाइड्रोक्लोरिक एसिड या तनु नाइट्रिक एसिड में उबाला जा सकता है। ध्यान दें कि उपयोग किए जाने वाले हाइड्रोक्लोरिक एसिड में नाइट्रिक एसिड, नाइट्रेट या हैलोजन जैसे ऑक्सीकरण एजेंट नहीं होने चाहिए। यदि पतला नाइट्रिक एसिड अभी भी सफाई के लिए अपर्याप्त है, तो पिघला हुआ पोटेशियम पाइरोसल्फेट, सोडियम कार्बोनेट, या बोरेक्स का उपयोग सफाई के लिए किया जा सकता है।
ग्रेफाइट क्रूसिबल को साफ रखने की जरूरत है, साथ ही अंदर और बाहर दोनों सतह चमकदार और चमकदार होनी चाहिए। लंबे समय तक गर्म करने के बाद, क्रूसिबल की बाहरी सतह सुस्त हो सकती है, और समय के साथ, यह नीरसता आंतरिक भाग में प्रवेश कर जाएगी, जिससे क्रूसिबल भंगुर हो जाएगा और दरार पड़ जाएगी। इसलिए, किसी भी अशुद्ध पदार्थ को हटा देना चाहिए। यदि अभी भी दाग हैं या सतह सुस्त है, तो सतह की चमक को बहाल करने के लिए, स्नेहक के रूप में पानी का उपयोग करके, 100-मेष वाली छलनी से गुज़री हुई बारीक रेत से सतह को धीरे से रगड़ें, जिसमें कोई तेज धार न हो।